工程总承包是华东院打造国际工程公司的主要业务领域，也是华东院近年进行战略转型的主要发展方向。

上世纪八十年代初，华东院曾作为我国最早以设计为龙头进行工程总承包的试点单位，成功完成了浙江石塘水电站主体工程总承包。进入二十一世纪，华东院大力推进总承包业务的发展，在巩固发展水电水利工程总承包业务的基础上，逐步将总承包业务范围拓展至工民建、城市水务等领域，并开始尝试采用BT、BOT等多种建设模式。迄今为止，华东院已承接各类工程总承包项目十多项。通过项目实践，华东院在原有的设计规划、过程设计服务等传统优势的基础上，逐步完善了工程风险控制、施工管理、资金流管理等总承包项目管理的核心能力，并致力于打造以华东院为龙头、专业承包企业为骨干的总承包业务立体产业链。

2008年，华东院获得了住房与城乡建设部核准颁发的工程设计综合甲级资质，成为我国获得最高等级设计资质和最宽广业务范围的单位之一，可以承接包括电力、水利、公路、市政、建筑、水运等全部21个行业各等级建设项目的设计、工程总承包、项目管理以及相关的技术与管理服务。未来，华东院将继续加快资源整合，努力提高项目管理专业水平，不断提升总承包业务的市场竞争力，向成为一流的国际工程公司的目标迈进。